Réponse pour xkb (désolé Yorigami 😉 )
xkb a 2 types de fichier: les fichiers du dossier /usr/share/X11/xkb (ou autre selon votre config) dans lesquels on écrit explicitement la config du clavier et des fichiers binaires (compilés je pense) situés dans /var/lib/xkb/ . Par défaut, xkb va lire /var/lib/xkb/, sauf s'il est vide. Le problème, c'est que les fichiers binaires ne sont écrits qu'une seule fois. Donc,
une modification ultérieure des fichiers xkb ne prend pas effet. Pour la rendre effective, il faut aller effacer les fichiers binaires avec la commande
sudo rm /var/lib/xkb/*
(faites quand même attention à enregistrer vos fichiers à l'avance, "on ne sait jamais")