J’ai le même problème, que ce soit en démarrant de mon disque dur ou avec le live CD, aussi bien avec Unity qu’avec gnome-panel.
J’ai contourné le problème en créant des lanceurs qui exécutent des commandes du genre
setxkbmap -model pc105 -layout fr -variant bepo -option -option compose:102
J’ai mis ces lanceurs dans le dock (la barre de lanceurs) de Unity et sur le tableau de bord de Gnome.
Note : le premier « -option », utilisé seul, sert à supprimer les options d’un autre setxkbmap. On peut avoir plusieurs « -option » à la fois.